Fluorescence imaging
M.S. Kleshnin and I.V. Turchin, “Fluorescence diffuse tomography technique with autofluorescence removal based on dispersion of biotissue optical properties”, Laser Phys. Lett. 10 075601 (2013)
Alina P. Ryumina, Ekaterina O. Serebrovskaya, Marina V. Shirmanova, Ludmila B. Snopova, Maria M. Kuznetsova, Ilya V. Turchin, Nadezhda I. Evteeva, Natalia Klementieva, Arkady F. Fradkov, Elena V. Zagaynova, Konstantin A. Lukyanov, Sergey A. Lukyanov, “Flavoprotein miniSOG as a genetically encoded photosensitizer for cancer cells” // Biochim Biophys Acta. Nov;1830(11):5059-67. doi: 10.1016/j.bbagen.2013.07.015. Epub 2013 Jul 20. (2013)
Marina V. Shirmanova, Ekaterina O. Serebrovskaya, Konstantin A. Lukyanov, Ludmila B. Snopova, Marina A. Sirotkina, Natalia N. Prodanetz, Marina L. Bugrova, Ekaterina A. Minakova, Ilya V. Turchin, Vladislav A. Kamensky, Sergey A. Lukyanov, and Elena V. Zagaynova, “Phototoxic effects of fluorescent protein KillerRed on tumor cells in mice”, Journal of Biophotonics 6(3), 2013, pp. 283–290
А.В. Мелешина, Е.И. Черкасова, Е.А. Сергеева, И.В. Турчин, Е.В. Киселева, Э.В. Дашинимаев, М.В. Ширманова, С.А. Лукьянов, Е.В. Загайнова, “Исследование взаимодействия мезенхимных клеток и опухоли методами флюоресцентного биоимиджинга”, Современные технологии в медицине, №4, 2012 с.7-16
Savitsky, Alexander P; Meerovich, Irina G; Zherdeva, Victoria V; Arslanbaeva, Lyaysan R; Burova, Olga S; Sokolova, Darina V; Treshchalina, Elena M; Baryshnikov, Anatoly Yu; Fiks, Ilya I; Orlova, Anna G; Kleshnin, Michael S; Turchin, Ilya V; Sergeev, Alexander M, “Three-dimensional in vivo imaging of tumors expressing red fluorescent proteins”, Chapte 7 in Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) Volume: 872, Pages: 97-114 DOI: 10.1007/978-1-61779-797-2_7 Published: 2012
Ширманова М.В., Сироткина М.А., Клешнин М.С., Турчин И.В., Снопова Л.Б., Орлова А.Г., Балалаева И.В., Загайнова Е.В., Трещалина Е.М. Визуализация экспериментальных опухолей с использованием фотосенса на флуоресцентном диффузионном томографе // Нижегородский медицинский журнал.- №4.- 2008.- C. 7-12
Е.В. Загайнова, М.В. Ширманова, М.А. Сироткина, И.В. Балалаева, М.С. Клешнин, И.В. Турчин, Л.А. Седакова, В.И. Романенко, Е.М. Трещалина Мониторинг накопления фотосенсибилизаторов в опухоли методом диффузионной флуоресцентной томографии // Российский биотерапевтический журнал, 2008 г., т.7, №4, стр.30-33
Балалаева И.В., Ширманова М.В., Загайнова Е.В., Орлова А.Г., Каршиева С.Ш., Романенко В.И. «Неинвазивный мониторинг содержания фотосенсибилизаторов в тканях животных методом диффузионной флуоресцентной томографии» Вестник Нижегородского университета им. Н.И. Лобачевского. 2008. № 3. С. 105-109.
И. В. Балалаева, А. Г. Орлова, Ю. А. Мацкова,М. В. Ширманова, И. В. Турчин, Н. Н. Зубова А. П. Савицкий, “Визуализация бактериальной инфекции методом флуоресцентной диффузионной томографии”, Вестник ННГУ, серия Биология, с. 28-33 (2006)
Optical diffuse spectroscopy
V. O. Korhonen, T. S. Myllylä, M.Yu. Kirillin, A. Popov, A. Bykov, A.V. Gorshkov, E.A. Sergeeva, M. Kinnunen, V. Kiviniemi, “Light propagation in near-infrared spectroscopy of the human brain”, IEEE Journal of Selected Topics in Quantum Electronics, in print (2014).
A.V. Gorshkov, M.Yu. Kirillin, “Monte Carlo simulation of brain sensing by optical diffuse spectroscopy”, Journal of Computational Science, 3, 498–503, (2012).
Масленникова А.В., Орлова А.Г., Голубятников Г.Ю., Каменский В.А., Плеханов В.И., Бабаев А.А., Снопова Л.Б., Иванова И.П., Пряникова Т.И., Шахова Н.М., Турчин И.В. Метод оптической диффузионной спектроскопии для in vivo исследования пространственного распределения зон гипоксии в ткани опухоли. Технологии живых систем, т. 8, №2, с. 38-43, 2011.
A. G. Orlova, A. V. Maslennikova, G. Yu. Golubyatnikov, V. A. Kamensky, N. M. Shakhova, A. A. Babaev, L. B. Snopova, I. P. Ivanova, V. I. Plekhanov, T. I. Pryanikova, and I. V. Turchin, ” Noninvasive Estimation of the Oxygen Status of Experimental Tumors by Diffuse Optical Spectroscopy “, Biophysics Vol. 56, No. 2, 2011, p. 304-308
Голубятников Г.Ю., Масленникова А.В., Орлова А.Г., Пряникова Т.И., Метод оптической диффузионной спектроскопии для in vivo исследования динамики оксигенации опухоли. Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики, 2010, 5, 114-117.
A.Maslennikova, A.Orlova, G.Golubjatnikov, V.Kamensky, V.Plekhanov, N. Shakhova, L.Snopova, A.Babaev, T.Prjanikova Non-invasive monitoring of tumor oxygen status after oxygen-modification by pentoxyphillin. Radiotherapy & Oncology, 96 (suppl.), 873 (2010).
Масленникова А.В., Голубятников Г.Ю., Орлова А.Г., Плеханов В.И., Артифексова А.А., Шахова Н.М., Каменский В.А., Турчин И.В., Неинвазивный оптический метод оценки кислородного статуса новообразований молочной железы. Опухоли женской репродуктивной системы, 1, 2010, с. 5-10.
Optical coherence tomography
П.Д. Агрба, Е.А. Бакшаева, Д.О. Эллинский, И.Л. Шливко, М.Ю. Кириллин “Роль механической компрессии при визуализации кожи человека методом кросс-поляризационной оптической когерентной томографии”, Современные технологии в медицине, 6(1) в печати (2014)
A.N. Morozov, I.V. Turchin, “Method of optical coherence tomography with parallel depth-resolved signal reception and fibre-optic phase modulators”, Quantum Electron 43 (12), pp. 1165–1169 (2013)
Губарькова Е.В., Кириллин М.Ю., Сергеева Е.А., Киселева Е.Б., Снопова Л. Б., Проданец Н.Н., Шарабрин Е.Г., Шахов Е.Б., Немирова С.В., Гладкова Н.Д., “Кросс-поляризационная оптическая когерентная томография в оценке структуры атеросклеротической бляшки”, Современные технологии в медицине, 5(4), 24-34 (2013)
Lev S. Dolin, Ekaterina A. Sergeeva, Ilya V. Turchin, “Correlation characteristics of optical coherence tomography images of turbid media with statistically inhomogeneous optical parameters”, Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer 113(9), pp. 691-703, 2012
R. Su, M. Kirillin, P. Ekberg, A. Roos,E. Sergeeva, L. Mattsson “Optical coherence tomography for quality assessment of embedded microchannels in alumina ceramic”, Optics Express, 20(4), 4603-4618 (2012).
M. Kirillin, O. Panteleeva, E. Yunusova, E. Donchenko, and N. Shakhova “Criteria for pathology recognition in OCT of fallopian tubes“, Journal of Biomedical Optics, 17, 081413 (2012).
M.A. Sirotkina, M.V. Shirmanova, M.L.Bugrova, V.V. Elagin, .P.D. Agrba, M.Yu. Kirillin, V.A. Kamensky, E.V. Zagaynova, “Continuous optical coherence tomography monitoring of nanoparticles accumulation in biological tissues”, Journal of Nanoparticle Research, 13(1), 283-291 (2011).
Голубятников Г.Ю., Шахова М.А., Снопова Л.Б., Терентьева А.Б., Игнатьева Н.Ю., Каменский В.А. Сравнительные исследования инфракрасного лазерного и высокочастотного воздействий на биоткани in vitro методом поляризационно-чувствительной оптической когерентной томографии. Известия ВУЗов. Радиофизика, 53(1), с. 41-50 (2010).
А.В. Масленникова, И.В. Балалаева, Н.Д. Гладкова, М.Б. Карабут, Е.Б.Киселева, Р.Р. Иксанов, Н.В.Ильин, В.П. Сокуренко Прогнозирование степени тяжести мукозита слизистой оболочки полости рта методом оптической когерентной томографии. Вопросы онкологии, 2009. №6.
P.D.Agrba, M.Yu.Kirillin, A.I. Abelevich, E.V.Zagaynova, V.A.Kamensky, “Compression as a method for increasing the informativity of optical coherence tomography of biotissues”, Optics and Spectroscopy, 107(6), pp. 853–858 (2009).
E V Zagaynova, M V Shirmanova, M Yu Kirillin, B N Khlebtsov, A G Orlova, I V Balalaeva, M A Sirotkina, M L Bugrova, P D Agrba and V A Kamensky Contrasting properties of gold nanoparticles for optical coherence tomography: phantom, in vivo studies and Monte Carlo simulation. Physics in Medicine and Biology, 53(18), p. 4995-5009 (2008).
I. Meglinski, M. Kirillin, V. Kuzmin and R. Myllylä, “Simulation of Polarization-Sensitive Optical Coherence Tomography images by Monte Carlo method”, Optics Letters, 33(14), 1581-1583 (2008).
Dolin L.S., Sergeeva E.A, Turchin I.V., “Shadow noise in OCT images of biological tissues”, Quantum Electronics 38(6), pp.: 543-550 (2008)
Е.В. Загайнова, О.С. Стрельцова, А.Г. Орлова, Е.Э. Юнусова «Комбинированное использование флюоресцентной цистоскопии и оптической когерентной томографии для диагностики раннего рака мочевого пузыря». Вестник РОНЦ. 2008. Т. 19, №2, С. 28-34.
M.Yu. Kirillin, A.V. Priezzhev, R. Myllylä, “Role of multiple scattering in formation of OCT skin images”, Quantum Electronics, 38(5), 486-490 (2008).
V.V. Sapozhnikova, I.S. Kutis, S.D. Kutis, R.V. Kuranov, G.V. Gelikonov, D.V. Shabanov, V.A. Kamensky In vivo monitoring of seeds and plant tissue water absorption using optical coherence tomography and optical coherence microscopy. Chapter 6 in Plant Cell Diagnostics (Images, Biophysical and Biochemical Processes in Allelopathy). Enfield, Jersey, Plymoth: Science Publisher, p. 71-86 (2007).
Е.В. Загайнова, М.В. Ширманова, В.А. Каменский, М.Ю. Кириллин, А.Г. Орлова, И.В. Балалаева, Б.Н. Хлебцов, А.М. Сергеев, ”Исследование контрастирующих свойств золотых наночастиц для метода ОКТ”, Российские Нанотехнологии, 2 (7-8), 135-143 (2007).
M.Yu. Kirillin, E. Alarousu, T. Fabritius, R. Myllylä and A.V. Priezzhev “Visualization of paper structure by optical coherence tomography: Monte Carlo simulations and experimental study”, Journal of the European Optical Society – Rapid Publications, 2, 07031 (2007).
A.V. Bykov, M.Yu. Kirillin, and A.V. Priezzhev, “Monte Carlo Simulation of Signals from Model Biological Tissues Measured by an Optical Coherence Tomograph and an Optical Coherence Doppler Tomograph”, Optics and Spectroscopy, 101 (1), 33–39 (2006).
М.Ю. Кириллин, А.В. Приезжев, М.С. Федосеева, «Анализ вкладов различных кратностей рассеяния в сигнал оптического когерентного томографа от слоя крови методом Монте-Карло», Вестник МГУ.сер.3. Физика. Астрономия, №2, 36-40 (2006).
M.Yu. Kirillin, I.V. Meglinskii, A.V. Priezzhev, “Effect of photons of different scattering orders on the formation of a signal in optical low-coherence tomography of highly scattering media”, Quantum Electronics, 36 (3), 247-252 (2006).
M.Yu. Kirillin, A.V. Priezzhev, J. Hast, R. Myllylä “Monte Carlo simulation of optical clearing of paper in optical coherence tomography”, Quantum Electronics, 36(2), 174-180 (2006).
A.V. Bykov, M.Yu. Kirillin, A.V. Priezzhev, “Analysis of distortions in the velocity profiles of suspension flows inside a light-scattering medium upon their reconstruction from the optical coherence Doppler tomograph signal”, Quantum Electronics, 35(11), 1079-1082 (2005).
M.Yu. Kirillin, A.V. Priezzhev, V.V. Tuchin, R.K. Wang and R. Myllylä “Effect of red blood cell aggregation and sedimentation on optical coherence tomography signals from blood samples”, J. Phys. D: Appl. Phys. 38 , pp. 2582-2589 (2005)
A.V. Bykov, M.Yu. Kirillin and A.V. Priezzhev, “Monte Carlo simulation of an optical coherence Doppler tomograph signal: effect of particle concentration on the reconstructed velocity profile”, Quantum Electronics, 35, pp. 135-139 (2005)
Gelikonov G.V., Dolin, L.S., Sergeeva E.A., Turchin, I.V., “Multiple Backscattering Effects in Optical Coherence Tomography Images of Layered Turbid Media”, Radiophysics and Quantum Electronics 46(7), pp. 565-576 (2003).
V.M. Gelikonov, G.V. Gelikonov, S.Yu. Ksenofontov, R.V. Kuranov, A.N. Morozov, A.V. Myakov, A.A. Turkin, I.V. Turchin, D.V. Shabanov, ” New Approaches in Broadband Fiber-Optical Interferometry for Optical Coherent Tomography”, Radiophysics and Quantum Electronics 46(7), pp. 550-564 (2003)
Снопова Л.Б., Гладкова Н.Д., Шахова Н.М., Загайнова Е.В., Кузнецова И.А., Проданец Н.Н., Куранов Р.В., Геликонов В.М., Турчин И.В., Сапожникова В.В., Каменский В.А. ”Перспективные морфологические исследования покровных тканей человека в интерпретации изображений, полученных методом оптической когерентной томографии” // Нижегородский медицинский журнал. – 2003. – N. 1. – P. 57-61
Ilya V. Turchin, Ekaterina A. Sergeeva, Lev S. Dolin, Vladislav A. Kamensky, “Estimation of Biotissue Scattering Properties from OCT Images Using a Small-Angle Approximation of Transport Theory”, Laser Physics, v.13, No. 12, 2003 pp. 1524-1529
Roman V. Kuranov, Sergey N. Bagayev, Valentin M. Gelikonov, Grigory V. Gelikonov, Evgeny S. Kargapoltsev, Alexander M. Razhev, Ilya V. Turchin, Andrey A. Zhupikov, “Optical coherence tomography for in situ monitoring of laser corneal ablation”, Journal of Biomedical Optics, Vol. 7, No. 4, 2002. – pp. 633-642.
R. V. Kuranov, V. V. Sapozhnikova, I. V. Turchin, E. V. Zagainova, V. M. Gelikonov, V. A. Kamensky, L. B. Snopova, and N. N. Prodanetz, “Complementary use of cross-polarization and standard OCT for differential diagnosis of pathological tissues”, Optics Express, Vol. 10, No. 15, PP. 707-713, 2002.
N. M. Shakhova, V. M. Gelikonov, V. A. Kamensky, R. V. Kuranov, and I. V. Turchin, “Clinical Aspects of the Endoscopic Optical Coherence Tomography and the Ways for Improving Its Diagnostic Value”, Laser Physics, Vol. 12, No. 4, 2002. – pp. 617-626.
S.N.Bagayev, V.M.Gelikonov, E.S.Kargapoltsev, R.V.Kuranov, A.M.Razhev, E.V.Turchin, A.A. Zhupikov, “The excimer laser system for refractive surgery assisted by optical coherence tomograph”, Laser Physics, Vol. 11, No. 11, 2001. – P. 1224-1227.
Fluorescent microscopy
А.А. Брилкина, Л.В. Дубасова, Е.А. Павлова, И.В. Балалаева, А.Г.Орлова, Е.А.Сергеева, А.Р.Катичев, Н.М.Шахова Исследование внутриклеточного распределения фотосенсибилизаторов трех типов в опухолевых клетках человека методом лазерной сканирующей микроскопии. Технологии живых систем, №8, 32-39 (2011).
E.A. Sergeeva, A.R. Katichev, M.Yu. Kirillin “Two-photon fluorescence microscopy signal formation in highly scattering media: theoretical and numerical simulation”, Quantum Electronics, 40 (12), 1053–1061 (2010).
Pleskova SN, Balalaeva IV, Gushchina IuIu, Seregeeva EA, Zdobnova TA, Deev SM, Turchin IV, “Differences in the functional activity of human neutrophilic granulocytes in their interactions with semiconductor quantum dots”, Morfologiia 135(3), pp.: 47-49 (2009)
А.Р Катичев, Е.А. Сергеева Проявления эффекта насыщения поглощения у коллоидных квантовых точек – флуорофоров для многофотонной флуоресцентной микроскопии. Оптика и спектроскопия, 107(6), с. 885-892 (2009).
Acoustic and photoacoustic biological tisue diagnostics
P.V. Subochev, A.G. Orlova, I.V. Turchin, A.M. Sergeev “Bimodal optoacoustic and ultrasound microscopy for simultaneous structural and functional diagnostics of biotissue” Proceedings of the Russian Academy of Sciences 454(4) (2014)//accepted for publication
A.A. Anosov, R.V. Belyaev, V.A. Vilkov, A.S. Kazansky, A.D. Mansfeld, P.V. Subochev “Dynamic reconstruction of internal temperature from acoustic radiometry data using neural networks.” Acoustical Physics, 2013, 59.6, (2013): 768–772.
P.Subochev, A.Katichev, A.Morozov, A. Orlova, V. Kamensky, I.Turchin // Simultaneous photoacoustic and optically mediated ultrasound microscopy: phantom study // Optics Letters 37(22), 2012, pp. 4606-4608
M.A.Sirotkina, V.V.Elagin, P.V.Subochev, N.N.Denisov, M.V.Shirmanova, E.V.Zagaynova “Laser hyperthermia of tumors with the use of golden nanoparticles under the control of optical coherent tomography and acoustothermometry.” Biophysics 56.6 (2011): 1142-1146.
A.N.Reznik, and P.V.Subochev. “On the theory of acoustothermometry of waterlike media: Effects of the quasi-static field, strong absorption, and radiation pattern.” Acoustical Physics 56.1 (2010): 105-114.
П.В. Субочев, А.Д.Мансфелъд, Р.В. Беляев “Многочастотная акустическая термотомография при лазерной гипертермии: физическое моделирование”, Вестник ННГУ, 5.1, 2010, с. 67-74
E.V.Krotov, A.M.Reyman, and P.V. Subochev. “Synthesis of a Fresnel acoustic lens for acoustic brightness thermometry.”Acoustical Physics 53.6 (2007): 688-693.
E.V.Krotov, A.M.Reyman, and P.V.Subochev. “Account of frequency dependence of the acoustic absorption coefficient in solving problems of acoustic-brightness thermometry.” Radiophysics and quantum electronics 49.6 (2006): 432-441.
Related publications
А.Д. Крайнов, А.М. Мокеева, Е.А Сергеева, П.Д. Агрба, М.Ю. Кириллин, «Оптические свойства биотканей мыши и их оптических фантомов» Оптика и спектроскопия, 115(2), 47-54 (2013).
H.S.S. Sorvoja, T.S. Myllyla, M.Yu. Kirillin, E.A. Sergeeva, R.A. Myllyla, A.A. Elseoud, J. Nikkinen, O. Tervonen, V. Kiviniemi, “Non-invasive, MRI-compatible fibreoptic device for functional near-IR reflectometry of human brain”, Quantum Electronics, 40(12), 1067- 1073 (2010).
Сироткина М.А., Елагин В.В., Ширманова, М.В., Бугрова, М.Л., Снопова Л.Б., Надточенко В.А., Каменский В.А., Загайнова Е.В. Лазерная гипертермия опухолей с нанотермосенсибилизаторами. Современные технологии в медицине, 1, с. 6-11 (2010).
Каменский В.А., Морозов А.Н., Мяков А.В., Агрба П.Д., Шахова Н.М. Эндоскопический кросс-поляризационный спектрометр-прибор для пункционной диагностики. Оптика и спектроскопия, 109(3), с. 434-438 (2010).
A.V. Bykov, M.Yu. Kirillin, A.V. Priezzhev, R. Myllylä, “Simulations of a spatially resolved reflectometry signal from a highly scattering three-layer medium applied to the problem of glucose sensing in human skin”, Quantum Electronics, 36 (12), 1125-1130 (2006).
E.A. Sergeeva, M.Yu. Kirillin, A.V. Priezzhev, “Propagation of a femtosecond pulse in a scattering medium: theoretical analysis and numerical simulation”, Quantum Electronics, 36 (11), 1023-1031 (2006).